Комитет занимается продвижением прав человека в странах Европы и Центральной Азии и мониторингом их соблюдения. В отдельных странах организация ведет, например, программы по развитию судебной и пенитенциарной систем с гуманными условиями, по поддержке меньшинств и по обеспечению доступа к правосудию для пострадавших от дискриминации. Также у организации есть обучающие программы для госслужащих и правозащитников.
В 2022 году Нидерландский Хельсинкский комитет был одной из правозащитных организаций, требовавших приостановить членство России в Совете ООН по правам человека из-за вторжения в Украину, а также учредить мандат Специального докладчика ООН по ситуации с правами человека в России. В 2023 году комитет осудил ликвидацию Московской Хельсинкской группы и потребовал от российских властей прекратить преследование правозащитников.