В деятельности фонда «Алтай — 21 век» можно выделить два ключевых направления: экологическое и социокультурное. Организация осуществляет общественный контроль за техногенными проектами, занимается экологическим просвещением населения, анализирует научные тенденции и воплощает их в жизнь.
За годы существования «Алтай — 21 век» реализовал ряд крупных проектов: провел анализ опасных для Алтая техногенных инициатив (строительство Катунской (Алтайской) ГЭС и прокладка дороги и газопровода через высокогорное плоскогорье Укок), организовал международные конференции, выпустил ряд документальных фильмов о развитии альтернативной электроэнергетики, а также журналов и книг по экологии и философии.